Die Darmparasiten haben eine birnenförmige Gestalt mit zwei typischen Kernen, die den Anschein eines Augenpaares (in Wirklichkeit Zellkerne mit Erbinformationen) haben. Zur Fortbewegung nutzen Giardien ihre Geißeln. Mit Hilfe ihrer Bauchhaftscheibe sind die Durchfallerreger in der Lage, sich an der Darmwand des Wirts festzusetzen, d. h. sie dringen nicht in das Gewebe ein. Dort vermehren sie sich dann millionenfach auf der Oberfläche der Darmschleimhaut.

Um andere Lebewesen (u. a. auch Menschen) zu befallen, umgeben sich jeweils zwei Giardien mit einer schützenden Hülle und lassen sich über den Kot ausscheiden. Durch die Hülle sind sie tage- bis wochenlang geschützt, bevor sie vom neuen Wirt über verschmutztes Wasser oder Nahrungsmittel aufgenommen werden. Die infektiösen Parasiten bleiben in feuchten Böden bis zu sieben Wochen infektiös, in kühlem Wasser (4 °C) bis zu drei Monaten, wobei sie unter optimalen Bedingungen sogar mehrere Monate lebensfähig bleiben können.

Viele Menschen und Tiere beherbergen Giardien im Darm, ohne sich krank zu fühlen. Trotzdem scheiden sie den Parasiten mit ihrem Stuhl aus. Andere befallene Individuen leiden an Übelkeit, Bauchschmerzen und Durchfall. Beim Menschen wird eine Infektion mit Giardien meist mit einer Reise in tropische Regionen oder Abenteuerreisen in die freie Natur erklärt. Tatsächlich sind die hygienischen Bedingungen in diesen Gebieten oder „Camps“ oft ungenügend, so dass eine Ansteckung durch Wasser oder Nahrungsmittel leicht möglich ist.

Giardien stellen ein Problem in der Trinkwasseraufbereitung dar, sie lassen sich weder durch Chlor noch durch Ultraviolettstrahlung komplett abtöten. Aus diesem Grund wird zur Oberflächenwasser-Aufbereitung häufig Ultrafiltration eingesetzt, um sie abzufiltrieren.

Die Zahl der ungeschlechtlichen Vermehrungen ist für jede Kokzidien-Art spezifisch. Danach bilden sich Geschlechtszellen (Gametogonie), nämlich große plasmareiche Makrogameten und kleine begeißelte Mikrogameten und es vollzieht sich eine geschlechtliche Vermehrung. Die befruchtete weibliche Zelle umgibt sich mit einer Hülle und wird zur Oozyste. Sie wird mit dem Kot des Wirtes ausgeschieden. In der Außenwelt kommt es wieder zu einer ungeschlechtlichen Vermehrungsphase, in der sich einkernige Teilungsprodukte bilden und sich mit Hüllen umgeben, die sogenannten Sporen (Sporogonie). In den Sporen bilden sich unter weiterer Teilung die infektiösen Sporozoiten.

Unterordnung Haemosporidia

Haemosporidia ist die für Menschen bedeutendste Gruppe, zu der der Malaria-Erreger Plasmodium malariae gehört. Plasmodien sind auch der Tropica-Parasit (Plasmodium falciparum) und der Tertianaparasit (Plasmodium vivax). Andere Plasmodien kommen in Affen, Fledermäusen und anderen Säugetieren vor, z. B. Theileria parva (Küstenfieber afrikanischer Rinder).

Ebenfalls zu den Kokzidien gehört Toxoplasma gondii, der Erreger der Toxoplasmose bei Katzen. Diese Infektion ist für Menschen mit gesundem Immunsystem ungefährlich. Eine Gefahr besteht allerdings bei Menschen mit geschwächtem Immunsystem (HIV- oder Transplantationspatienten). Eine weitere Gefahr besteht bei der Erstinfektion in der Schwangerschaft, bei der das ungeborene Kind sterben oder schwere Behinderungen davontragen kann.